El intercambiador El Perchel-María Zambrano constituye la estación con una mayor cota de profundidad del metro malagueño, para garantizar así las operaciones de trasbordo y conexión intermodal. El Perchel se compone de un primer nivel o vestíbulo principal; un segundo nivel que albergará el andén donde se producirá la correspondencia entre los trenes de la línea 2 procedentes de Palacio de Deportes y de la línea 1 con destino a la Universidad; y un tercer y último nivel donde se efectuará la correspondencia entre las unidades de la línea 1 procedentes de la Universidad y de la línea 2 con destino a Palacio de Deportes.
El acceso desde la estación de metro al vestíbulo de la estación de ferrocarriles María Zambrano se efectúa a través de un pasillo situado en el vestíbulo principal de El Perchel.